موزه علوم طبیعی بهاباد، از موزه‌های برتر کشور می‌باشد که در سال ۱۳۷۷  افتتاح شده است. این موزه، هم‌اکنون دارای بیش از ۳۵۰۰ نمونه مختلف در ۴ زمینه جانورشناسی، گیاه‌شناسی، سنگ و فسیل و میکروسکوپیک (بسیار ریز) می‌باشد

موزه علوم، از منحصربه‌فردترین موزه‌های ایران می‌باشد که اخیراً، بخش تخصصی آبزیان شمال نیز به آن اضافه شده است. این بخش، دارای دو سالن با ۹۵ درصد آبزیان دریای شمال و ۶۰ درصد آبزیان دریای جنوب می‌باشد.

هدف از تأسیس این موزه، آموزش عینی و بهتر علوم طبیعی به دانش آموزان سطوح مختلف (دبستان تا دانشگاه) می‌باشد؛ به این‌گونه که فراگیران پس از بازدید سالن‌های موزه و دریافت توضیحات کلی، به کارگاه آموزشی هدایت شده و به تماشای تصاویر و فیلم‌های آموزشی کتاب درسی خود می‌پردازند. در موزه تا حد امکان هم نمونه‌های مربوطه، در اختیار علاقه‌مندان قرار می‌گیرد تا به شکل ملموس، آن‌ها را حس و تجربه کنند.

بخش جانوری موزه علوم طبیعی شهرستان بهاباد،  با بیش از ۵۵۰ نمونه مهره‌داران و بی‌مهرگان دارد که در قسمت بی‌مهرگان آن؛ انواع خارتنان، نرم‌تنان و سخت‌پوستان نگهداری می‌شود. اکثر نرم‌تنان این موزه، از نقاط مختلف دنیا جمع‌آوری شده‌ و تنها چندی از بی‌مهرگان خلیج‌فارس و بندپایان نظیر حشرات و پروانه‌ها، بومی این منطقه هستند که در داخل ۲ تابلوی موزه به نمایش درآمده‌اند.

شاخص‌ترین نمونه بی‌مهرگان موزه علوم طبیعی، فسیل زنده و ۳۰۰ میلیون سالی خرچنگ نعل اسبی می‌باشد که همچنان بدون هیچ تغییری باقی‌مانده است.

بخش مهره‌داران موزه شامل ۸۱۰ گونه از پستانداران، پرندگان، خزندگان، دوزیستان و ماهیان (۹۵ درصد گونه خلیج‌فارس) می‌شود. کار ارزنده و شاخص این موزه، گردآوری تمامی نمونه پرنده‌ها به‌صورت جفت می‌باشد که در بحث ژنتیک، ریخت‌شناسی، مطابقت و شناسایی گونه‌ها و سایر مسائل مربوطه بسیار ارزشمند و مفید است.

در این بخش از ۷۵ نمونه پرندگان موزه، بیشتر آن‌ها مثل حواصیل‌ها و پلیکان‌ها از شمال کشور و برخی همچون هوبره زنگوله بار، بومی منطقه بهاباد هستند.

 منحصربه‌فردترین گونه جانوری موزه علوم طبیعی بهاباد شامل یوزپلنگ ایرانی و گونه آبزی آن شامل دلفین دندان درشت می‌شود که یکی از ۹ گونه دلفین خلیج‌فارس می‌باشد.

بخش گیاهان موزه شامل ۲۰۰ گونه گیاهی دانه‌ها، گیاهان گلدانی و داروهای گیاهی می‌شود که به‌صورت سه‌بعدی و حالت طبیعی خود نگهداری می‌گردد. ۶۵ درصد گیاهان دارویی این موزه، متعلق به همین منطقه می‌باشد.

در بخش سنگ و فسیل و میکروسکوپیک موزه علوم بهاباد؛ ۴۲۰ قطعه ارزشمند سنگ، چندین عنصر معدنی و ۳۰۰۰ فسیل به نمایش گذاشته شده است که مهم‌ترین آن‌ها عناصر معدنی مس، گوارتس و ولفونیت خاص منطقه بهاباد می‌باشد.